Για τα παιδιά των μεγαλύτερων τάξεων των δημοτικών σχολείων που συμμετέχουν στο Πρόγραμμα η ελληνομάθεια υποστηρίζεται και με μαθήματα μαθηματικών και φυσικών επιστημών, αντικείμενα τα οποία κατά τεκμήριο δυσκολεύουν πολλούς μαθητές. Τα συγκεκριμένα μαθήματα στο μειονοτικό δημοτικό διδάσκονται στην τουρκική γλώσσα, επομένως οι μαθητές των μειονοτικών σχολείων, κατά τη μετάβασή τους στο δημόσιο γυμνάσιο, συχνά συναντούν δυσκολίες που συνδέονται και με τη γλώσσα. Για την ανάπτυξη των μαθημάτων αξιοποιούνται εκπαιδευτικά υλικά που έχουν παραχθεί στο πλαίσιο του Προγράμματος και κατάλληλο εποπτικό υλικό. Οι εκπαιδευτικοί που έχουν αναλάβει τα μαθήματα υποστηρίζονται στο πλαίσιο συστηματικών επιμορφωτικών συναντήσεων και συνεργασιών στο επίπεδο της τάξης.