Με το ξεκίνημα του Προγράμματος με ασφυκτικές χρονικές προδιαγραφές οργανώθηκαν άμεσα μια σειρά έρευνες για τη χαρτογράφηση του πεδίου παρέμβασης. Οι έρευνες επικεντρώθηκαν στη διερεύνηση των ιδιαίτερων προβλημάτων του μειονοτικού δημοτικού σχολείου, των χαρακτηριστικών του μαθητικού πληθυσμού, των αιτίων της σχολικής αποτυχίας αλλά και στην κατανόηση της διαίρεσης της τοπικής κοινωνίας. Πιο συγκεκριμένα έγιναν οι εξής έρευνες
- Aποδελτίωση του συνόλου της ελληνικής και τουρκικής βιβλιογραφίας για τη μειονότητα.
- Kαταγραφή του νομικού πλαισίου που αφορά την εκπαίδευση της μειονότητας.
- Aπογραφή του μαθητικού πληθυσμού, ανά μειονοτικό σχολείο και οικισμό και ερευνητική καταγραφή της κοινωνικομορφωτικής ταυτότητας.
- Aπογραφή του σώματος των εκπαιδευτικών μειονοτικών σχολείων και ερευνητική καταγραφή της κοινωνικομορφωτικής ταυτότητας του συνόλου.
- Έρευνα (με συνεντεύξεις) σε δείγμα εκπαιδευτικών για τη σχέση τους με το δασκαλικό ρόλο και τη γνώμη τους για τη σχολική αποτυχία του μεγαλύτερου ποσοστού των μαθητών.
- Συγκέντρωση και καταγραφή υλικού για την Ειδική Παιδαγωγική Ακαδημία Θεσσαλονίκης (ΕΠΑΘ).
- Eθνογραφικές μελέτες για (α) τη στάση του μειονοτικού πληθυσμού απέναντι στις εθνοτικές μειονοτικές ταυτότητες και την ταυτότητα του έλληνα πολίτη και (β) τη στάση της μειονοτικής οικογένειας απέναντι στην εκπαίδευση και την επιλογή του είδους σχολείου.
- Εθνογραφική έρευνα με αντικείμενο την καθημερινή πραγματικότητα των μειονοτικών σχολείων: παρατήρηση της σχολικής ζωής, των παιδαγωγικών πρακτικών, των συμπεριφορών και στάσεων των μαθητών απέναντι στην εκπαιδευτική διαδικασία.
- Έρευνα ποσοτική (συλλογή στατιστικών δεδομένων) και ποιοτική (με συνεντεύξεις) με αντικείμενο τη φοίτηση των παιδιών της Μειονότητας στα ελληνικά πανεπιστήμια.
- Μελέτη για τον μουσουλμανικό πληθυσμό της Ρόδου και των εκπαιδευτικών του χαρακτηριστικών.
- Απογραφή των μουσουλμάνων μαθητών ελληνικής υπηκοότητας που φοιτούν στην υποχρεωτική εκπαίδευση σε σχολεία εκτός Θράκης.
- Μελέτη για τα Διαπολιτισμικά Σχολεία των Σαπών.
Ερευνητικές εκθέσεις
Ασημακοπούλου Φ. και Λιοναράκη Σ. (1998), Επισκόπηση βιβλιογραφίας σχετικά με τη μειονότητα και τη μειονοτική εκπαίδευση.
Ασημακοπούλου Φ., Μεϊδάνη Μ., Πλεξουσάκη Έ. (1998), Πληθυσμός και οικονομική φυσιογνωμία της μειονότητας της Θράκης.
Γιαννακόπουλος Κ. (1998), Η εκπαίδευση της μειονότητας. Κοινωνικοπολιτισμικά χαρακτηριστικά -μορφωτικές πρακτικές της μουσουλμανικής μειονότητας στη Θράκη.
Ζαμπέτα Ε. (1999), Απογραφή των μουσουλμάνων μαθητών εκτός Θράκης και Δωδεκανήσου. Ταυτότητες και εκπαιδευτικές πρακτικές.
Κούρτη Ε. (1999), Τα διαπολιτισμικά σχολεία των Σαπών: προβλήματα και προοπτικές.
Μαυρομμάτης Γ. (1999), Μουσουλμάνοι φοιτητές σε ελληνικά πανεπιστήμια.
Μπαλτσιώτης Λ. και Τσιτσελίκης Κ. (1998), Το μειονοτικό εκπαιδευτικό σύστημα.
Παπαναστασίου Τ. (1998), Συγκέντρωση και καταγραφή υλικού για την Ειδική Παιδαγωγική Ακαδημία Θεσσαλονίκης (ΕΠΑΘ).
Πλεξουσάκη Έ. (1998), Μειονότητα και εκπαίδευση.
Πλεξουσάκη Έ. (1999), Η φοίτηση στην προσχολική και στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση: στάσεις και προσανατολισμοί της μειονότητας.
Σφυρόερα Μ. (1998), Η καθημερινή πραγματικότητα των μειονοτικών σχολείων.
Φραγκουδάκη Ά., Ασκούνη Ν. (1998), Οι δάσκαλοι των μειονοτικών σχολείων.
Χιωτάκης Σ. (1998), Εκπαίδευση και ενσωμάτωση των Μουσουλμάνων της Δωδεκανήσου.