Κατά τη δεύτερη φάση του Προγράμματος (2002-2004) εκδόθηκε εκπαιδευτικό υλικό και για τις τρεις τάξεις του γυμνασίου. Εκτός από το μάθημα των ΦΕ, δημιουργήθηκε υλικό και για το μάθημα της Τεχνολογίας. Το υλικό περιλαμβάνει για κάθε τάξη: βιβλίο για το μαθητή, βιβλίο για τον καθηγητή και «πακέτο» εργαστηριακών υλικών.

Το εκπαιδευτικό υλικό:

• είναι κατάλληλο για δίγλωσσους μαθητές,

• αντισταθμίζει τις ελλείψεις των μειονοτικών μαθητών,

• λαμβάνει υπόψη του τα ΔΕΠΠΣ,

• στοχεύει στη διδασκαλία και μάθηση επιστημονικών πρακτικών, στο πλαίσιο της διδασκαλίας των ΦΕ ως κουλτούρας και

• συνδέει τις «ακριβείς» ΦΕ με την Τεχνολογία.

Το υλικό υπακούει στις ακόλουθες διδακτικές και μαθησιακές προδιαγραφές:

• οργανώνεται γύρω από συγκεκριμένα κομμάτια του φυσικού κόσμου,

• δίνει έμφαση στις διαφορές των «πολύπλοκων» επιστημών της ζωής με τις «ακριβείς» φυσικές επιστήμες,

• δημιουργεί προϋποθέσεις για προσωπική και για κοινωνική οικοδόμηση της γνώσης,

• προσφέρει πληροφορίες στον εκπαιδευτικό, τόσο για τη λογική της δομής του όσο και για τα σημεία που είναι αποφασιστικά για την αξιολόγηση και τέλος,

• περιλαμβάνει πακέτα υλικών «φιλικών» στη χρήση.

Το συγκεκριμένο υλικό έδειξε ότι, σε συνδυασμό με την υποστήριξη των εκπαιδευτικών, μπορεί να καταπολεμήσει επί της ουσίας (και όχι μόνο σε επίπεδο εξετάσεων) τη σχολική αποτυχία των μειονοτικών (και όχι μόνο) μαθητών, στα μαθήματα των ΦΕ.
Το υλικό εγκρίθηκε από το Παιδαγωγικό Ινστιτούτο ως μέρος των βιβλίων του ΟΕΔΒ.